כאשר מחלת החניכיים במצב מתקדם וטיפול חניכיים שמרני אינו יעיל אז נדרש לבצע ניתוח חניכיים :
- מטרתו של ניתוח החניכיים היא צמצום וסילוק כיסי החניכיים שלא ניתן להגיע לעומקם המלא בטיפול שמרני. בצורה כזו ניתן יהיה לעצור את התקדמות מחלת החניכיים ולמנוע אבדן שיניים. הטיפול מתבצע תחת אלחוש (הרדמה מקומית) ובמהלכו מופרדות החניכיים מהשיניים כדי לחשוף את השורשים ועצם הלסת ולסלק חיידקים, אבנית ורקמה דלקתית. בסיום הטיפול מוחזרות החניכיים למקומן ע"י תפרים נספגים בדרך כלל. תופעות לוואי צפויות הינן: רגישות לקור, פתיחת מרווחים בין השיניים ובין השיניים לחניכיים. תופעות אלו צפויות לחלוף לאחר זמן מה בתנאי שהמטופל יקפיד על היגיינה אורלית נאותה. תוצאות הטיפול תלויות בהקפדה יתרה על היגיינת הפה, בניקוי אבנית תקופתי ובמעקב ע"י רופא החניכים.
- ניתוח חניכיים רגנרטיבי (בניית עצם סביב שיניים): מחלת החניכיים גורמת להרס ואבדן העצם התומכת בשיניים. ניתוחי חניכיים רגילים אמנם מסלקים את דלקת החניכיים אך לא יכולים לשחזר את הרקמות שאבדו. בשל כך, אנו עשויים להשתמש בטכניקות מתקדמות הנקראות ניתוחי רגנרציה אשר ישחזרו רקמות אלו. בטיפולים אלו נעשה שימוש בחומרים חדשניים כגון שתלי עצם, ממברנות וחלבוני גדילה
- שתל עצם: יכול להלקח מהמטופל עצמו, מבנק עצם (עצם ממקור אדם או חיה) או ע"י שימוש בעצם סינטטית
- מברנה: עשויה בדרך כלל מקולגן טבעי או מחומר סינטטי אחר. הממברנה הינה למעשה קרום דק מאוד אשר עוטף את שתל העצם ומגן עליו במהלך הריפוי. הממברנה מאפשרת בנייה וצמיחה של עצם חדשה סביב השן. הממברנה נספגת ונעלמת מעצמה באופן טבעי לאחר מספר שבועות.
- חלבון גדילה (אמדוגיין): חומר חדשני המגיע בצורת נוזל ומסייע לחידוש הרקמות הפגועות סביב השיניים.
- ניתוח להשתלת חניכיים: טיפול כירורגי לשם תיקון נסיגת חניכיים לצורך שיפור מבנה וצורת החניכיים. בטיפול זה נלקחת רקמת חיבור מהמטופל עצמו (מהחיך) או מבנק רקמות. רקמה זו מקובעת על פני שטח השורש החשופים במטרה לשחזר את קו החניכיים המקורי וכדי לעצור את התקדמות נסיגת החניכיים.
- תחזוקה פריודונטלית: תוצאות טיפול החניכיים תלויות הן בשמירה קפדנית על היגיינה אורלית והן בטיפול תחזוקתי תקופתי אחת למספר חודשים. הטיפול כולל מעקב וניטור מצב מחלת החניכיים, ניקוי אבנית כללי וחיזוק היגיינת הפה. מטרות הטיפול התחזוקתי הם: 1. הקטנת הסיכוי לחזרתה של דלקת החניכיים. 2. הגדלת הסיכוי לאחתור מוקדם של מחלות או נגעים אחרים בחלל הפה. .3 הקטנת הסיכוי לאבדן שיניים